Isso não é falha no rAthena, nem muito menos no Hercules, é algo errado no VPS sim ou algo referente ao firewall, porque a conexão tá sendo perdida, não tem nada haver com Bug referente aos emuladores...
Posso adiantar que pode até ser configuração errada de Packet, é improvável, mas uma hipótese, já tive servidores e sempre revisava as configurações, não tinha problemas desse tipo.