Oi!
Você pode encontrar a lista de comandos, funcionalidades e exemplos em \doc\script_commands.txt. Dá pra estudar bem por lá.
A instância do bafomé selado (SealedShrine) e todas as outras ficam na pasta \npc\instances e \npc\re\instances (caso seu server seja renewal).
Instâncias são criadas com o comando instance_create, todas as instâncias da pasta usam a opção de grupo, mas é possível criar para guild também.
Você pode criar um item e ligar um script nele usando o comando callfunc, por exemplo o item Cartão Kafra:
12211,Kafra_Card,Kafra Card,2,2,,10,,,,,0xFFFFFFFF,63,2,,,,,,{ callfunc "F_CashStore"; },{},{}
Boa sorte!