Primero, necesitas contar con todos los archivos necesarios del Prontera Custom que vas a utilizar.
Para utilizarlo, debes colocar los archivos necesarios del Prontera Custom que vas a utilizar en tu carpeta data o grf "de tu proyecto". Luego reemplaza en el db/pre o re/map_cache.dat colocando el nuevo prontera.gat que utilizarás.
Para reemplazar te recomiendo utilizar este programa: https://rathena.org/board/files/file/3858-mapcache-editor/
Como dato adicional si deseas reemplazar Prontera, tu mapa custom de Prontera tiene que tener el mismo nombre.